Особенности в конструкции протейперов:
- Множественная конусность рабочей части инструмента. Это увеличивает гибкость протейперов;
- Выпукло-треугольное поперечное сечение. Выпуклость увеличивает прочность инструмента, а треугольная форма уменьшает площадь контакта протейпера со стенками канала, тем самым, увеличивая безопасность эндодонтического вмешательства;
- Изменяющиеся углы и шаги спиралей. Они позволяют протейперу эффективно извлекать “мусор”, следовательно, уменьшается риск обтурации;
- Прогрессирующая конусность. В клиническом отношении данная особенность протейперов с одной стороны значительно улучшает гибкость и режущую эффективность протейпера, в то же время, уменьшая количество подходов необходимых для прохождения корневого канала и обеспечивая большую безопасность в работе.

Система протейпер состоит из 6 инструментов, которые распределены в двух группах, по три инструмента в каждой: формирующие (шейперы) и финишные файлы. Формирующие файлы,как говорит само название, этот класс протейперов используется для придания корневому каналу нужной формы. В нее входят файлы Sx, S1, S2.

Протейпер Sx используется как для обработки коротких корневых каналов, так и для придания нужной формы коронковой части длинных каналов. Кончик рабочей части данного инструмента имеет диаметр 0,19 мм, а диаметр основания составляет 1,20 мм. Длина протейпера Sx составляет 19 мм, и по сравнению с двумя другими шейперами у Sx конусность выше.

Протейпер S1 предназначен для препарирования верхней трети корневого канала. Инструмент доступен в размерах 21мм и 25мм. Диаметр кончика протейпера S1 составляет 0.17 мм., а конусность растет на протяжении всей рабочей части от .02 до .11.

Протейперы S2 предназначены для препарирования средней трети корневого канала и, как и S1 имеет длину 21мм и 25мм. Диаметр кончика данного инструмента составляет 0.20мм, а ее конусность - 0.04, которая постепенно увеличивается и в участке D16 достигает 0.115.

Финишные файлы предназначены для окончательного оформления апикальной трети корневого канала, а также для выравнивания и расширения средней трети каналов. Они, как и шейперы, включают в себя 3 инструмента: F1, F2, F3. Диаметр кончика протейпера F1 составляет 0.20 мм, F2 0.25, F3 0.30.